Pengadilan Agama Nabire berdiri berdasarkan surat keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor: 95 tahun 1982 pada tanggal 28 Oktober 1982. Kehadiran Pengadilan agama Nabire untuk melayani masyarakat kabupaten Paniai (nama kabupaten sebelum pada akhirnya berubah nama menjadi kabupaten Nabire) dan kabupaten- kabupaten lain di sekitarnya.  

Pengadilan Agama Nabire berdiri secara de facto pada tahun 1984 bersamaan dengan hadirnya Pengadilan Agama lain se wilaya hukum PTA. Jayapura. Yaitu PA. Jayapura, PA. Biak, PA. Merauke, PA. Fakfak dan PA. Sorong. PA. Wamena, PA. Serui dan PA. Wamena. 

PA. Nabire semula berkantor di jalan merdeka Nabire kemudian dengan gedung kantor baru pada tahun 2007 pindah ke jalan Mandala kelurahan Bumi wonorejo Nabire hingga sekarang.

Dalam kepemimpinannya, sejak berdirinya, pengadilan Agama Nabire telah beberapa kali berganti ketua. ketua pertama adalah Drs. muslimin Moding ( 1984 sampai dengan 1997), Drs. Kamaludin ( 1997 - 2000), Drs. Baidhowi HB. ( 2000- 2002), Drs. Aruji ( 2002 - 2004), Drs. H. Alwi Rahim, SH. MH., ( 2004- 2008) Drs. H. Ahmadi, MH. (2008-2010), Drs. Tahir Hi. Salim, MH. ( 2010-2014). H. Hasan Zakaria, SAg. SH. (2014 -2018), H. Irwan Jamaluddin, S.Ag.,S.H.,M.H. ( 2018- 2020), Basirun, S.Ag., M.Ag. (2020-2021), Mukhlish Latukau, S.H.I. (2021-2022), H. Aris Habibuddin Syah, S.HI., M.H. (2022-Sekarang)