Visi adalah suatu gambaran tentang keadaan masa depan yang berisikan cita cita dan citra yang ingin diwujudkan Pengadilan Agama Nabire di masa mendatang. Dalam merumuskan visinya, Pengadilan Agama Nabire menyelaraskan dengan visi Mahkamah Agung RI yang dicanangkan untuk tahun 2010 – 2035, sebagai hasil Rapat Kerja Nasional Mahkamah Agung RI Tahun 2009. Visi Mahkamah Agung tersebut adalah :

Untuk mencapai visi tersebut, Mahkamah Agung menetapkan misi yang mengambarkan hal yang harus dilaksanakan, yaitu:

1. Menjaga kemandirian badan Peradilan;
2. Memberikan pelayanan hukum yang berkeadilan kepada para pencari keadilan;
3. Meningkatkan kualitas badan peradilan;
4. Meningkatkan kredibilitas dan transparansi badan peradilan yang berkeadilan;

Pengadilan Agama Nabire sebagai pengadilan tingkat pertama yang berada di bawah Mahkamah Agung RI memiliki komitmen dan kewajiban yang sama untuk mengusung terwujudnya peradilan yang baik dan benar serta dicintai masyarakat. Atas dasar itu maka Pengadilan Agama Nabire telah menjabarkan visi dan misi tersebut ke dalam visi Pengadilan Agama Nabire, yaitu:

Hal ini mengandung makna bahwa Pengadilan Agama Nabire siap bersama-sama peradilan lainnya mewujudkan badan peradilan yang agung yang dihormaati masyarakat dengan cara meningkatkan kinerja yang lebih baik demi menjaga kehormatan dan martabat serta wibawa peradilan yang didedikasikan dalam bentuk misi Pengadilan Agama Nabire, yaitu:

1. Meningkatkan kepercayaan masyarakat terhadap Pengadilan Agama Nabire;
2. Mewujudkan Pelayanan Prima Pengadilan Agama Nabire yang sederhana, tepat waktu,, biaya ringan dan transparan bagi masyarakat pencari keadilan terhadap Pengadilan Agama Nabire;
3. Meningkatkan akses masyarakat terhadap keadilan di Pengadilan Agama Nabire;
4. Meningkatkan tersedianya sarana dan prasarana Peradilan Agama berbasis tehnologi informasi;

Upaya untuk mencapai visi dan misi yang agung tersebut jelaslah bukan suatu pekerjaan mudah. Diperlukan suatu pemahaman yang mendalam atas permasalahan yang dihadapi Pengadilan Agama Nabire dan rencana serta strategi yang tepat dan menyeluruh untuk menjawab permasalahan yang ada. Tujuannya, agar dapat mendorong terwujudnya lembaga peradilan yang bermartabat, berwibawa dan dihormati demi tegaknya supremasi hukum.

Untuk memudahkan pencapaian visi dan misi tersebut, ditetapkanlah tujuan strategis. Tujuan strategis merupakan penjabaran atau implementasi dari pernyataan visi yang akan dicapai atau dihasilkan dalam jangka waktu 1 (satu) sampai dengan 5 (lima) tahun. Dengan diformulasikannya tujuan strategis, Pengadilan Agama Nabire akan dapat secara tepat mengetahui apa yang harus dilaksanakan oleh organisasi dalam memenuhi visi misinya untuk kurun waktu satu sampai lima tahun ke depan dan memungkinkan untuk mengukur sejauh mana visi misi organisasi telah dicapai mengingat tujuan strategis dirumuskan berdasarkan visi misi organisasi.

Adapun Tujuan yang ditetapkan Pengadilan Agama Nabire adalah sebagai berikut:

1. Meningkatkan kemampuan dan kinerja Pengadilan Agama Nabire agar lebih efektif dan efisien.
2. Meningkatkan akuntabilitas dan transparansi peradilan.
3. Meningkatkan kualitas Sumber Daya Manusia yang ada di Pengadilan Agama Nabire.